Creando un nuevo script en el que se compruebe el valor de la variable 0x405A (junto al special 0x0 correspondiente a la cura de los pokémon), se puede hacer que dependiendo del mapa y banco en el que estés, se ejecute un sub script, porque claro, en el script "principal" se hacen todas las comprobaciones del mapa en el que vas después de perder la batalla.
Hay que hacer esto así (si se quiere, y si se quiere un poco más de "profesionalidad" :v) ya que como resulta obvio, solo se pueden ejecutar dos scripts tal y como es el sistema.
Lo se, me explico como el culo, pero espero te sirva de algo \(^_^)/