Pues si no recuerdo mal yo encontré varios.
El primero era que al entrar en la casa del Señor Jhone (por la parte de la cueva) te enviaba a un tile en negro de la cueva (a las cordenadas (0,0) si no me equivoco), pero eso me lo arreglé yo con un poco de A-Map. El siguiente fallo era en la isla donde el laboratorio que se ha perdido la llave, que para entrar al bosquecillo donde estaba no se podía entrar porque había un bordillo justo delante de las escaleras (igual que antes, un poco de A-Map y solucionado). El último fallo que encontré y por el cual no pude avanzar más de la Beta 3, era que en el santuario, donde te colocas para ver la animación de como el Team Black ataca la torre esa, tu colocas el mini del prota debajo de un tile, y se supone que no te puedes mover y mientras se ve la animación, pero en lugar de elo, me podía mover libremente y no se veía el combate de la entrada de la torre y el discurso en la azotea...