Han pasado cerca de tres años desde la aventura de Rojo en Kanto,
El team Rocket ha regresado y va a volver a intentar conquistar el
mundo. Durante la história, nuestro personaje se encontrará con los
malvados planes de esta organización, que traía en secreto, volver
al pasado para evitar que Rojo fastidiase sus planes.
Mientras Eco (pokemon Oro y Plata) los mantiene ocupados, Nuestro
Heroe deberá acabar con los planes de evitar que el team rocket
volviese al pasado, con la mala fortuna que acaba encerrado en uno
de los vortices que transportaban a la época anterior.
El juego comenzará su aventura en Pueblo Primavera, unos días después
de que Eco partiera. Donde allí elegirá a uno de los tres Pokemons iniciales
de Johto. Después de esto, será llamado por el Sr. Pokémon para que
investigue un curioso fenómeno de ciudad Trigal.
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