Da igual, ya he hecho yo otra prueba y confirmo la teoría, era lo que esperaba. Las flags que se utilizan para los árboles (0x11, 0x12...), una vez activadas, se desactivan al cambiar de mapa. Es decir, si tu activas la flag 0x11 en Pueblo Paleta y entras a una casa, por ejemplo, se desactiva automáticamente.