Lo de hacer que desaparezca puedes hacerlo con las flags (échale un vistazo al tutorial de scripts si no sabes cómo usarlas). No sé cómo hacer que únicamente registres al Pokémon en la Pokédex, pero con showpokepic aparte de registrarlo mostrarías su foto.
Así que si no te importa que salga el sprite del Pokémon, utiliza el showpokepic para registrarlo en la Pokédex.
Así que si no te importa que salga el sprite del Pokémon, utiliza el showpokepic para registrarlo en la Pokédex.