Pues a eso me refiero, que ni si quiera sabes cambiar el sitio, aún así te explicaré, pero no lo vas a entender...
Has de guardar los dos tileset, el primario y el secundario, en el tileset secundario buscar el tile que se ve mal y colocarlo en el tileset primario. y después de eso importar ambos tilesets para que se cargue lo que hiciste.