De la forma en la que se visualiza en mi mente, lo que yo haria seria:
Trainerbattle
Applymovement hasta el bloque de hierba
Setvar 0x8003 0x1
Wildbattle
Y ya está, funciona exactamente igual.
Luchas contra un entrenador, posteriormente vas a la hierba, y el siguiente Pokémon será un Shiny y a su vez, configurado mediante la Wildbattle.
No se, quiza estoy muy tonto el dia de hoy, pero lo que tu planteas y mi ejemplo encajan a la perfectisima perfección perfecta xD