no te entiendo nada macho (no se que me pasa :v)
haz esto, pon en una imagen, todos los tiles (árboles, suelo, todo junto) luego. metete en el cmp, y haz todo de nuevo, eso debe funcionar.
por lo que veo, el duelo, y el árbol, no tienen la misma paleta.
estas insertando primero el árbol, y luego la hierva, y al hacerlo, no seleecionas la paleta en la que insertas cada cosa, por lo que al insertar lo segundo, se te cambia todo de colores, porque lo insertas en la paleta de lo primero