Cada una tiene lo suyo.
GBA puede lograr resultados mas fieles a los de un juego original al ser una edicion directa de un juego ya existente. Igualmente su formato es mucho mas liviano en relacion a lo que pesa un RPG, pues se usan archivos ips o ups, los cuales pocas veces llegan a los megabytes, por lo que recuerdo.
Aun asi RPG puede lograr cosas que seria muy complicado aplicar en un Hack de GBA, como un numero de regiones mayor a dos o un sistema de comunicación via internet y, asi mismo, y por lo poco que tengo entendido del tema, hay un menor chance de tener bugs.
Igualmente, yo te recomendaria comenzar con lo que tu creas que podrias estar satisfecho ante el resultado, antes de basarte en cual podria ser mas o menos facil, ya que igual hay buenos tutoriales y recursos de cada una de estas plataformas con los cuales podrias aprender facilmente y ambos tienen sus dificultades.