Muestra las imágenes de los 2 Tilesets (No en el AM, sino el que editas con paint).
Lo mas probable es que tengas el Tileset 2 Sin partes del Tileset 3, es decir, lo que tienes que hacer, es insertar primero la paleta2, luego exportar ese Tileset con la paleta 3 eh insertas los tiles que vayas...