Yo te digo como lo hago yo.
Primero meto el tileset en la carpeta. Te metes en la carpeta Graphics, Tilesets, y lo pones ahí.
Después en el RPG Maker pulsas en Base de datos, en el menú que te saldrá te metes en Tile Sets, creas uno nuevo si no tienes huecos libres, y en Gráfico de Tileset...