Se pueden unir
Mapas, graficos de tileset, eventos
Hay cosas que no puedes unir tan fácilmente:
Graficos como portadas. Fondos de batalla, etc. Necesitas un parche y eso necesariamente obliga a documentar que lugar de la rom usaste, para no sobreescribir datos. Lo mismo con las rutinas y demás cosas.
En resumen se puede. Pero deben ser ordenados. Documentar todo muy bien , en que direcciines insertaron las cosas, registrar que flags y var usaron y para que cosa , etc.