Lo dices porque luego si lo meto en un cartucho no podría actualizarlo con las nuevas cosas sin perder la partida, no? Aunque claro, no sé como funcionan las flashcard estas, no sé si te guardan por otro lado el fichero save y puedes cambiar la ROM sin problemateóricamente sí debería de funcionar, pero yo no haría algo así hasta que el juego esté absolutamente terminado, poco sentido tiene tomarse la molestia de pasarlo a cartucho cuando aún está en fase de mejora y expansión.
O te refieres a esperar a que esté todo en decomp porque irá "mejor"?