Es solo cuestión de modificar el script por defecto. Agrega dos Pokéball más en el mapa y asignales el mismo script. Por defecto en FR los iniciales se determinan por el valor almacenado en una variable, la cual tambien servirá para que cuando retes a tu rival el juego sepa que inicial escogiste y cual equipo debería usar.
Para scripting te recomiendo leerte el tutorial de scripts de Xabier2012 en el subforo de tutoriales GBA. Así podrás aprender a scriptear.