Necesitas colocar un color de transparencia y este color no puede ser ni blanco (255,255,255) o negro (-255,-255,-255), de lo contrario no te colocará la transparencia; lo mismo aplica para el color de opacidad, te recomiendo que uses un color que no sea muy común para usar, por ejemplo los colores rosado, amarillo o verde brillantes que te da msPaint por defecto y para el de opacidad, solo usa el editor de colores y bajas un par de tonos el color negro para que rpg maker lo lea.
Suerte espero que te sirva.