GBA intro manager te deja poner en X e Y dos dígitos respectivamente.
Si estas usando FR puedes usar otro método para esto (bueno en realidad, en las 3 bases pero de FR es la q recuerdo)
Puedes abrir tu ROM con cualquier editor hexadecimal y dirigirte a las siguientes direcciones.
54A00: Posición Y
54A08: Posición X
54A04: Banco del Mapa
54A06: Número de Mapa
Como editor hexadecimal te recomiendo dos :
Hexworkshop-muy cómodo y acepta la instalación de maps.
HxD-Es el q usa en su mayoría en el Romhacking.