De entrada creo que PGE solo funciona con Fire Red y Ruby (que me corrijan si me confundo), pero en GitHub hay un programa escrito en Python que sirve para expandir la Pokedex, con la excepcion de que solo funciona sobre Emerald (U) y no sobre Esmeralda (E), es decir, solo es para la version americana.
En su dia lo probe y si que funciona, pero tienes que tener instalado a parte de una version especifica de Python (no me acuerdo si era v2 o v3) el DevKitARM.
Te dejo aqui abajo el enlace que te digo, y otro a mayores que trata el mismo tema por si te interesa:
https://github.com/DizzyEggg/PokeExpansion
https://www.pokecommunity.com/showthread.php?t=324892
Un saludo!
PD: yo tambien estoy modificando Esmeralda, cualquier duda que pueda solucionar no dudes en postearlo o en hablarme por Discord (previo MD jeje)