Tienes que usar el comando hidesprite en un script.
Si el mini ha de desaparecer tras hablar con él, te recomiendo hacer un fadescreen o, si te gusta más, un applymovemente para que esté fuera de cámara y entonces pones: "hidesprite 0xnº de mini" y luego el setflag 0x807.
Si no hablas con él en el momento en que quieres que desaparezca, pon un script de nivel o de gatillo.
Para que el mini permanezca desaparecido en el A-Map ponle "Person ID: 807".
Con eso debería andar, cualquier cosa me dices.