(Perdon sí es algo tarde)bueno,Yo lo que haría sería dividir el equipo para diversos ambitos que no afecten directamente a la rom quedaría algo así:
Spriter/Tiler:Solo es hacer el pixelart y eventualmente indexarlo luego lo insertas y eso.
Mapper:El A-map tiene una opción para importar y exportar mapas,con esto puedes ir pasando y recibíendo mapas.
Scripter
ues el script del XSE se pasa en un archivo de texto y lo insertas.
Músico:Como en todo,se pasa la música en .mid o ya comprimida para insertarse.
La cosa es que el encargado de la rom sepá como insertar las cosas con las que se trabaja para poder insertar lo que reciba.
Espero que mí solución te ayude algo al menos
.