Intenta con el PGE,abris la Rom con el,te vas a la pestaña de Patches and Expanders y te aparecen 4 opciones.
Primero selecciona el que dice ROM Expander para expandir la ROM y despues el que dice Pokemon Adder para
añadir los pokemons y las entradas a la dex que quieras y te deberia de funcionar bien.