Pues.. en mi cabeza no tiene mucho misterio.
Añades Lideres y una Liga creando mapas y los respectivos NPC en ellos.
Si estas haciendo una segunda sección, las Medallas creo que debes añadirlas como objetos que el Lider te dará tras derrotarlo, ya que a menos de que uses Emerald, no recuerdo que nadie haya creado algun modo de visualizar una 2da Trainer Card.
Añadir sus sprites sin reemplazar a ningun otro no tengo idea de como se hace, solo se que por el momento, lo que se puede expandir es la cantidad de Overworlds como tal, siguiendo
este tutorial.
Sobre darles una animacion a los Lideres, tienes
esto.
Con suerte, ya vendrá alguien a expandir mejor la información y/o corregirme xD