Te dejo como como puedes quitarlos:
VERDE: Aquí puedes mirar de cuantos scripts de nivel está compuesto el mapa.
ROJO: Aquí te indica el tipo de nivel de script del que se trata.
AZUL: Con esta opción es con la que los vas borrando.
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Se puede dar el caso de que el script de nivel este presente en el mapa pero no este visible en este zona del cabezal.
Para localizar estos scripts te tendrás que situar en "ver cabezal" y pulsar CTRL+H, así abrirás la vista profesional. Una vez ahí te tienes que fijar en donde pone "Map script offset", deberás copiar ese offset y pegarlo en XSE
Luego de pegarlo tendrás que marcar la casilla de azul, que indica que se trata de un script de nivel, y luego la verde, para descompilarlo.
Edit:
@kakarotto tiene razón, me dio pereza y no abrí una rom para mirar que clase de script era, también me deje llevar por el título xD. Como ese es de gatillo una manera de borrarlo es seleccionando la casilla en cuestión y darle a delete event, con esto ya no te aparecerá más en el mapa ni se ejecutará. Cabe mencionar que esto no hace que el offset en el que se aloja ese script pase a estar libre ahora, lo digo por si acaso.