Si expandes una rom GBA por encima de 32MB, entonces simplemente no ira en una Game Boy Advance, sino simplemente en los emuladores (q estos tambien tienen unos limites de como grande pueda ser el archivo *.gba), pero s la expandes solamente a los 32MB, entonces no encontraras problemas ningunos.
Consejo:
Aunque el trabajo haces en una rom expandida, a la hora de crear un archivo *.ips, utiliza una rom normal de 16MB como base. De esa manera la gente pueda aplicar el parche a una rom normal sin deber d tenerla expandida.