Depende, si los dos tiles que quieres utilizar usan la misma paleta de colores, entonces si, por ejemplo un arbol y el césped pueden compartir paleta (o no), entonces los podrías insertal a la vez, ya que utilizan la misma paleta como he dicho.
Si utilizan una paleta diferente, entonces primero tendrías que exportar un tileset con la paleta del tile 1, y insertar el tile, y cuando lo tengas hacer lo mismo, cargar la paleta del tile 2, y exportar el tileset con esa paleta, y luego insertar el tile. No tiene mas misterio xD