Se puede usar la misma flag más de una vez, pero no es recomendable, ya que al activarse una se activan cosas que ya pasaron, te recomiendo usar vars para script de gatillo y flags para desaparecer minis.
Pd: No sé las flags libres en Pokemon Ruby, ya que trabajo con Red Fire, pero no pierdes nada con googlear un rato c:
¡Saludos!