No, no te lo recomiendo, son necesarios algunas veces, puedes ir editandolos a tu manera, o puedes descubrir cosas tambien, yo aprendi muchas cosas viendo scripts del juego
Si sabes de scripting puedes hacerlo, de hecho yo lo he hecho y no he tenido ningún problema. Si que es un poco fastidioso hacer los árboles de corte y eso, pero se puede sacar bastante bien.
Yo creo que si eliminas todos los eventos menos el del profesor, puede serte útil para que empieces de alguna manera desde '0' y puedas moddificar de algna manera todos tus proyectos y crear nuevos scripts a tu gusto..
Saludos~
Si quieres hacer un hack desde cero lo suyo es quitar los todos los eventos de todos los mapas (al menos de los que vayas a utilizar) ya que no te sirven para nada.
Lo del profesor oak tampoco es realmente necesario, sobretodo si no sabemos que es exactamente lo que quieres hacer.