Bueno
@shinichi999,
antes de realizar cualquier cambio, realiza siempre una copia de seguridad de tu ROM.
Por lo que se ve, como te comentaron antes, puede ser que tengas un inconveniente con las paletas del gráfico que colocaste.
Mmm, si quieres que el nuevo grafico que creaste tenga los mismos colores que el gráfico original, entonces, al momento de crear el nuevo gráfico, este tiene que tener los mismos colores que el gráfico original.
Ahora, si el nuevo grafico tiene colores diferentes, entonces, tienes que reemplazar la paleta del gráfico original con la paleta del nuevo gráfico.
Además, tienes que tener en cuenta de que el primer color de la paleta tiene que ser de un color que no utilice el gráfico, ya que ese color el juego lo toma como una transparencia, si el primer color, es un color que utiliza el gráfico, entonces, el juego no lo reconocerá como un color del gráfico y al momento de verlo en el emulador no lo mostrara, y se verá más o menos como el gráfico que compartiste.