Bueno, realmente es simple.
En primer lugar, pues debes tener creado e insertado tu miniSprite de Zeraora para colocarlo en el mapa.
Segundo, basta con asignarle a este mini un script en el cual se utilice el comando Wildbattle.
(Hace tiempo vi un tuto muy completo en el foro, que te enseñaba a utilizar este comando como un "dios", para hacer eventos mucho mejores que los originales. Lastimosamente ahora no lo encuentro, pero si puedes te recomiendo buscarlo)
Lo otro importante es asignarle al miniSprite un número de flag para que, al activar dicha flag en el script, el mini desaparezca una vez hayas finalizado el combate. La flag también te sirve para mantener oculto al legendario si depronto el mapa se puede visitar antes de que sea hora del evento de Zeraora.
No es algo complicado, creo que leyendo algunos tutoriales sobre script y el uso de flags, entenderás rápidamente como realizar el evento.
También puedes abrir los scripts originales de Zapdos, Mewtwo, etc; para estudiarlos y entender bien los pasos a realizar para armar tu propio evento.
Para la parte de cómo colocar el minisprite en el Overworld....
Depende de lo que quieras hacer:
Puedes simplemente reemplazar alguno de los originales por tu sprite de Zeraora (Usando por ejemplo NSE 1.7.5)
O si vas a requerir más minis nuevos, puedes expandir tu cantidad de minis con ayuda de algunos programas como OWM u OW Inserter. (esto es algo más complejo que la opción 1)
Para ambos casos ya está por tu cuenta la creación de cada uno de los frames del mini que quieres insertar.
Si para el Mini nuevo vas a usar una paleta de colores diferente a las que trae el juego, te toca expandir la tabla de paletas. (Bueno, también puedes reemplazar una de las paletas existentes, pero como son comunes para varios OW, seguramente dañarías algunos minisprites)
En el foro hay varios tutoriales sobre estos temas, por ejemplo:
Está
este para expandir la cantidad de minis
Está
este para expandir la cantidad de paletas.
Y por ejemplo en este video te enseñan a modificar un mini
https://www.youtube.com/watch?v=opnU2fTPv_I
Por cierto, el tuto sobre la wildbattle que te decía, es
este