Los "famosos" gameshark funcionan modificando los valores de la RAM, los códigos se basan básicamente en indicar una dirección en la RAM, una condición y reemplazar el valor para que el juego se comporte de una forma diferente, por ejemplo cambiar los valores del mapa en el que estés para hacer que salgan otros Pokémon, o cambiar tu equipo, todos esos datos están guardados en la RAM cuando estás jugando.
Por lo que en principio no es posible, no te digo que no se pueda pero lo único que se me ocurre es cambiar el código fuente del juego y recompilarlo, lo que lógicamente no es posible porque no tenemos el código fuente.
De todas formas es algo tonto, deja a la gente que juegue como quiera y se divierta a su manera, incluso si hicieses todo lo posible para cambiar las direcciones en las que se cargan las cosas en la RAM se podrían crear nuevos códigos.