Abre Gen_III_Suite y presiona "Expand Pokémon" ahi coloca la cantidad de nuevos Pokémon que deseas y cuantas entradas de la pokedex deseas añadir y listo, ya tendras nuevos espacios para pokémon
O bien,si quieres expander el espacio de la rom (de 16 a 32 mb) abre tu rom con XSE presiona ctrl+R y presiona "Expandir" y listo, ya tienes una rom con extendida.