Primero que nada, creo que me expresé mal en la última parte:
tanto en tileset como tilemap, en ambos, el primer bloque debe ser transparente,
Así que voy a aclarar, el tileset, es la imagen, digamos, con el "rompecabezas desarmado" que insertaste.
El tilemap, es raw en el ordenaste esas piezas para darle forma al fondo.
Con esto, el que necesita el primer bloque transparente es el TILESET. El tilemap, necesita que tenga completo la transparencia en donde corresponde, te muestro un ejemplo:
A la Izquierda el tilemap, asegurate de completar el borde derecho como la parte de abajo de esa manera
A la derecha, el tileset. El primer bloque es de 8x8 con el primer color de la paleta, en mi caso el verde fluor que se ve.
Si al limpiar ese primer cuadro del tileset, se ve uno vacío en el tilemap, debes re-hacer el tilemap también, y no usar ese primer bloque en la parte "visible" del fondo de batalla.