Respuesta: Existe? creo que no.
Pues, por ahí había oído sobre una forma de tener una batalla contra dos pokemon iguales, pero contra dos pokemon distintos... pues eso esta un poco difícil, bueno no tanto, la cosa es que hay que insertar una rutina ASM y ahí es donde se complica todo.
Lo que te recomiendo sinceramente es que talvez consideres cambiarte de Plataforma a RPG Maker, en RPG maker puedes hacer batallas dobles, mega evoluciones, Puedes agregar los objetos que quieras, puedes agregar los pokemon que quieras, puedes agregar todos los mapas que quieras, puedes agregar todas las regiones que quieras, es un poco mas sencillo a la hora de crear eventos por lo que eso ya no seria un problema.
Ademas cada mapa posee tres capas para mapearlo, de esa manera es mas fácil crear mapas uniformes y sobre poner cosas sobre otras. Personalizacion completa, desde la pantalla de titulo, el fondo de batalla, los entrendadores, el menu, la pokedex, esas son las pocas cosas que recuerdo sobre RPG Maker en estos momentos pero hay muchas cosas mas
te mando link de mi proyecto de RPG maker, todavía esta en desarrollo pero igual, podria servir de ejemplo.
http://whackahack.com/foro/t-34056/pokemon-bella-epoca-actu-23-4-2015-pvp-e-intercambio-maravilloso-ofline-agregados