Los Pros de GBA son que dispones de muchísimos más tutoriales, más información, y, por desgracia, más parches con todo el trabajo ya hecho para que te cueste menos esfuerzo/tiempo crear tu HackROM con lo que más se suele utilizar hoy en día: Megaevoluciones, Pokédex expandida, rutinas ASM más interesantes para crear un mejor entorno dentro del juego y hacer que el juego sea lo más real y original posible.
Contras: Si de primeras no aprendes cómo manejarte en el lenguaje hexadecimal, ni localizar offsets, ni editar/programar eventos/scripts/rutinas te será más difícil aprender a la larga, porque algo tan simple como añadir un nuevo tile o crear un mapa y hacer que la ROM lo detecte correctamente te parecerá complicado.
Pros de NDS: En lo que a ROM bases se refiere, dispones de mayor cantidad de añadidos a lo que sería tu Hack.
No hay límite de OverWorlds, Texturas (llamadas Tiles en GBA), Número de rutas por mapa, posibilidad de crear scripts más vistosos, mejores gráficos gracias a que NDS funciona con un tamaño más grande de sus gráficos (overworlds, texturas, edificios, etc), lo que hará que tu Hack se vea precioso si sabes cómo crear buenos gráficos.
Contras: Actualmente no se disponen de muchos tutoriales acerca de ROM Hacking en NDS, al menos aquí en Whack a Hack (pero tranquilo que ya mismo traeré tutos con cosillas básicas que nadie ha explicado aquí de momento). Nadie sabe nada sobre ASM, y los pocos que lo saben se guardan la información por algún motivo, por lo que no puedes crear cosas como por ejemplo implementar los árboles de miel o bayas a una ROM de HG/SS, o crear un sistema de seguimiento al protagonista como en HG/SS para que te sigan los pokémon de tu equipo. En cuanto a mapeado, necesitarás aprender a utilizar programas de edición 3D como SketchUp para hacer los modelos 3D, y luego 3DS Max 10 con unos plugins especiales para importar tu mapa de nuevo a tu ROM.
Por todo lo demás, NDS me parece interesante si verdaderamente te gusta aprender a ROM Hackear. Pero si tienes prisa por aprender y lanzar tu propio juego, deberías iniciarte primero en GBA, conocer algunos conceptos importantes, y cuando ya sepas lo básico y un poco de lo avanzado quizá de GBA, podrás elegir la plataforma que más te guste. Como si te quieres lanzar a Pokémon Essentials o RPG Maker.
Un saludo,
BagBoy