Te diría que no hay ninguna que tenga alguna versión compilada para Linux, quitando la posibilidad de que exista algún editor hexadecimal compatible y de que puedas cargar varias con Wine.
De todas formas, Linux dispone de herramientas nativas para compilación GBA y se obtienen tiempos más rápidos que en otros sistemas, te recomendaría que optaras por esta opción. De hecho, viene a ser como tener un ordenador pero usarlo como una máquina de escribir, en sí no tiene ningún sentido pudiendo usar una forma más robusta de trabajar, salvo que la máquina no sea lo suficientemente potente o que prefieras hacerlo así.