Facil: Lo mas seguro es que has intentado intercambiar pokemon beta, ya que este juego se basa en la beta esto no lo podrás hacer si no solo con este juego los demas no exceptuando Pokémon de la 1ra gen, eso si lo puedes hacer te lo digo yo que si lo he hecho
De todas formas prueba con el emulador dual boy, que esta desarrollado para multijugador específicamente