Mmm pues veras no se muchos sobre Tiles , pero , veras
La paleta 0 , contiene los colores de los arboles , cesped , arbustos ,hierba de los pokemon , y otra cosillas.
Por lo que si reemplazas los colores de la paleta 0 , tambien tendrias que cambiar la hierba , cesped ...ect. ya que cambiaste sus colores.
Yo te recomiendo que cambies una paleta limpia , osea la paleta 12 , ahi carga los colores y , los tiles cargalos en el Tileset secundario.
Espero haberte ayudado
MBHP