O sea, piensas que no hay problema por usar la marca Pokémon junto a recursos oficiales de juegos como sprites y demás gráficos, ¿pero que sí hay problema en usar la música?
Puedes usar la banda sonora de los juegos originales perfectamente, es más "ilegal" por así decirlo (aunque suena horrible) que lo que puedas estar haciendo ahora con el simple hecho de crear un fangame.