Si lo que quieres es cambiar los pokémon para elegir al comienzo puedes cambiarlo con esta herramienta:
Advance Starter 1.4
Cambia los Pokémon iniciales que elegirás para tu aventura.
Lo mejor es que te dijes en el script del propio juego para ver cómo lo plantea. Si lo que quieres es que te salgan los nombres y elijas uno (como cuando sale el yes/no) puedes hacerlo con una herramienta llamada multichoice manager.