Es un problema del juego y es que MKXP-Z no está bien integrado o que tu gráfica y/o procesador no pueden manejarlo. Debes renombrar el del icono similar a un sol naranja a Game.exe y utilizar ese.
Que puedas emular Nintendo Switch no significa nada ya que puedes emularlo con Vulkan y tener problemas con OpenGL (que es lo que usa MKXP-Z), como ocurre con las tarjetas de AMD. Dicho eso, usando el del sol naranja debería ya furular