Sí que existe esa herramienta, aunque cuesta encontrarla porque es del Team Snag'em, y la mayoría de sus herramientas han desaparecido de la red. Yo misma no la encontraba por ningún sitio, hasta que me descargué el pack de herramientas de SuperHacker:
Ahí os viene esa herramienta =) Eso sí, creo (aunque aún no la he usado) que sólo permite editar el orden en la Pokédex Nacional: pero va bien igual, porque la mayoría de hacks ya no usan la Pokédex de Hoenn...