Si, por supuesto! Pero igual debes hacer una sheet con todos los sprites con sus 2 frames (algo que dudo que tengas) uno al lado de otro. Luego la puedes insertar completa con GBA Graphics Editor por ejemplo. Ahora... esto sirve si y solo si los gráficos son descomprimidos. Ya que si son comprimidos cada imágen comprimida consta de una cabecera y un diccionario para descomprimirla y sería diferente la cabecera y el diccionario al comprimir una imágen o comprimir varias.
En todo caso si lo que deseas en hacer un hack rom te aseguro que no es algo que harás en un par de clic. Debes tener paciencia y constancia para llevar a cabo tu proyecto.
Saludos y suerte en lo que te propongas.