Tranquilo....
Solo tienes que acomodar los tiles....recuerda que siempre debes dejar un cuadro con el color transparente para que no ocurran errores así, si no dejaste el cuadro con el color transparente podría verse así, toma ejemplo de los tilesets del juego
Si estas insertando tiles, no hay problema, es bastante común ya que estas cambiando los tiles originales del juego, lo único que debes de hacer es agregar tu propio tile del suelo y luego ir rellenando todas esas zonas hasta que quede completo.
Si saliste y el mapa estaba bien, pero cuando entraste otra vez se "des-configuro" se debe a que no guardaste los cambios en las paletas. Para esto solo debes irte al icono de Bloques en AMap y en la última pestaña (No recuerdo como se llama) hay una opción que dice "Writte palette changes to rom" o "Guardar cambios" dependiendo del idioma, dale allí, si ves que se vuelve a des-configurar es normal, luego de allí solo acomoda todo y luego ya no volverá a pasar. Recuerda hacer este procedimiento cada vez que insertes un tile/s nuevo, así guardarás los cambios y no volverá a pasar.