Es probable que en el Paint de Windows se te cambien los colores por no guardarlo en un formato de mapa de bits de 24 bits o en PNG.
En cualquier caso, lo que suelo hacer es dibujar con Paint.NET para luego indexarlo con CMP.
Paint.NET es un programa que a mi parecer es bastante cómodo, con varias opciones que Photoshop tiene, con interfaces sencillas y, al menos en mi caso, sin problemas de lag que sí suelo tener con Photoshop.