Antes de pedir cosas tan generales lee tutoriales sobre scripting, es más facil de lo que parece. Como es una duda no te haré el script y te dire como se hace.
Antes de nada quita los scripts que hay en el Fire Red original del profesor oak en el lab.
Ahora solo tienes que poner un script de nivel o de gatillo a la entrada del lab (en esencia te a a funcionar igual) donde aparezca oak diciendo que tienes que buscar a Blue.
Luego cuando le encuentres activa una flag, del 200 al 2FF, y cuando vuelvas al lab te dejará coge tal poke. Claro que para eso deberías poner un checkflag con el numero que hayas escogido arriba, para que te deje pasar.
Es muy dificil explicarlo todo de golpe.
Te dejo un par de tutos y aprende todo lo que ahí aparece, verás como eres capaz de hacer lo que pides.
https://whackahack.com/foro/t-12807/gba-tutorial-sobre-scripts
https://whackahack.com/foro/t-42542/megatutorial-scripting-desde-cero-finalizado