Como ya te dijo en señor día de la semana Lunos, existe una herramienta que te ayuda a hacer eso automáticamente, aunque, hasta donde se, no funciona con roms expandidas, si eses el caso te tocara hacerlo a mano en plan bestia usando tu herramienta de edición favorita como GBAPGE o Gen3Tools
Saludos y Buenas vibras!