Pues mira, el término ROM Hacking significa precisamente que estamos editando una ROM (memoria de sólo lectura, dígase "juego original"). Por lo tanto, como puedes inferir, las herramientas que funcionan editando ROMs, sin entrar en tecnicismos, no te permiten crear un juego de cero.
Para lo que quieres puedes usar cualquier plataforma apropiada: Unity, Game Maker, Unreal, CryEngine 3, Stencyl y una larga lista de etcéteras.
Para RPG Maker, por ejemplo, han desarrollado ya una base: Pokémon Essentials. Pero si no te gusta, puedes empezar de cero allí.