Pues está complicado, la mayoría de herramientas de Rom Hacking están hechas como programas y no como aplicaciones web, aunque puede que haya alguna básica (que desconozco, porque no me suena haber visto nada) no vas a poder editar mucho con ellas.
Lo más fácil sería que intentases solucionar el problema que tengas con los .exe.