Por lo que leo, lo que pides no es tanto guion, sino jugabilidad.
A mi me gustaria que:
-tengas tanto un rival con el inicial ventajoso, como uno con el incial debil
-gran cantidad de lideres, personajes importantes, y villanos con los que luchar, pero que su equipo cuente con pokemones bastante especiales (no ratatas o zubats por ejemplo)
-que el campeon sea algo decente, o el jefe final, un enfrentamiento con personajes que tengan legendarios no estaría mal
-una pokedex bastante completa, no pido todas las regiones, pero al menos podrias poner las evoluciones de la 4ta gen, mas pokemones populares como garchomp, mimikyu, etc
Entre eso, un apartado grafico decente, hay bastantes tiles publicos buenos, como trainers, incluso hay hacks que usan los tiles originales pero tienen mapeados sublimes
Si es posible que el personaje principal tenga un diseño original
Los megas no lo veo tan necesario, podes hacer un buen hack jugable sin eso.