Si te refieres a coger un rom, arrastrarlo con el mouse, ponerlo encima de otro y que al soltarlo, mágicamente se sobrescriban los recursos y tengas una versión combinada como si fueran carpetas, pues estás soñando. Las carpetas son sitios donde guardas archivos, nada más que eso, si combinas carpetas es como que en la vida real tengas dos carpetas, saques las hojas de una y las metas en otra, sin límite de espacio; un rom es diferente, no es solo un sitio donde se guardan los archivos, se podría decir que es un sistema; si tú vas al HxD con tu rom y colocas un "00" y desplazas archivos, jodes completamente el juego, porque las cosas ya no están donde se supone que deben, entonces sería mil veces peor si tratas de combinar dos roms, porque colocarías aún más archivos, no podrías siquiera ver la pantalla de inicio. Por supuesto, puedes pasar los archivos de un juego a otro normalmente y tal, sin tanto desespero, pero eso ya es hacerlo normalmente y no mágicamente como tú quieres. Saludos
