1) Aplica ese parche a una ROM limpia y abre la ROM parcheada con un editor hexadecimal como HxD.
2) Compara esa ROM parcheada con una ROM limpia yendo a Analysis > File-Compare > Compare.
3) HxD procederá a mostrarte todos los bytes que son diferentes entre la ROM limpia, y la ROM que unicamente tiene el parche que buscas remover de tu ROM principal. Apunta los bytes y offsets que aparecen en la ventana con la ROM limpia.
Nota: Pulsa F6 o vete a Analysis > File-Compare > Next Difference para ver la siguiente discrepancia.
4) Abre tu propio ROM Hack en HxD, y escribe los bytes que anotaste provenientes de la ROM limpia, en los offsets correspondientes dentro de la ROM de la cual quieres quitar el parche.
Guarda los cambios y verifica que todo funcione correctamente.
Quizá haya un metodo mas sencillo para llevar esto a cabo, pero este es el metodo que a mi se me vino a la mente.